Desa Klepu terletak di dataran tinggi. Topografi ketinggian desa ini adalah berupa daratan sedang yaitu sekitar 156 m di atas permukaan air laut. Berdasarkan data BPS kabupaten Malang tahun 2004, selama tahun 2004 curah hujan di Desa Klepu rata-rata mencapai 2.400 mm. Curah hujan terbanyak terjadi pada bulan Desember hingga mencapai 405,04 mm yang merupakan curah hujan tertinggi selama kurun waktu 2000-2008.

Jarak tempuh Desa Klepu ke ibu kota kecamatan adalah 7 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 15 menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 40 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 2 jam.